虽然申请办理银行承兑汇票时，银行要求申请人提供双方交易合同，但不能保证申请人在获得银行承兑汇票后，真正用这张票去履行该笔合同。通常，银行在作出承兑后，不再去管汇票的流向和其实际的用途，只是到期负责支付汇票款项。
银行承兑汇票贴现时，受理银行虽然要求提供能够证明该银票项下的交易确已履行的凭证(包括与其直接前手之间的增值税发票和货运单据)，但贴现银行到期办理委托收款时不再需要附这些证明单据。实际上，只要保证汇票本身的真实性和背书连续，承兑银行就必须付款。实际工作中，大多数银行在办理银行承兑汇票贴现时，出于各种各样的原因，对增值税发票、运输单据的审查往往只是流于形式。因此，两者虽然都要求有贸易背景，相比之下国内信用证更加强调商品交易履行合同的真实性。
国内信用证可以根据买方，或者卖方的要求进行修改，往往是贸易双方对合同上的条款进行了修改，相应地对信用证上的条款也进行修改，甚至修改信用证金额，这就给交易双方带来了方便。而银行承兑汇票上的金额不能进行修改，也不能对部分金额进行背书转让，只能以此金额终办理结算。这也是一些客户将大额银行承兑汇票质押给银行，重新签开若干小额承兑汇票用于不同用途支付的主要原因。
根据《支付结算办法》，企业申请办理银行承兑汇票只要交纳万分之五的手续费，办理贴现时不须再交纳手续费，而国内信用证由于手续比较复杂，在整个业务环节，企业要交纳相对较多的费用。《国内信用证结算办法》中要求，企业在申请开证时，要交纳开证手续费(按开证金额的0．15％收取，100元)；申请修改信用证时，按每笔100元交纳修改手续费，增额修改的，对增额部分按开证手续费标准收取，少不低于100元，不另收修改手续费；通知行通知受益人时，受益人交纳通知手续费每笔50元；受益人办理议付时，按议付金额0．1％交纳议付手续费。