医院拥有5位中国工程院院士，1百多名技术三级以上专家，1千多名高职专业技术人员。医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖20项，国家发明奖2项，军队科技进步一等奖21项。 [2]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，中国人民解放军总医院名列第三。
科研平台
据医院官网2015年12月信息显示：医院拥有1个国家重点实验室、2个教育部重点实验室、9个北京市重点实验室，12个全军医学专业重点实验室，国家临床医学研究中心1个，国际联合研究中心1个，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。
国家重点实验室（1个）：肾脏疾病国家重点实验室
教育部重点实验室（2个）：肿瘤靶向和抗体教育部重点实验室、聋病教育部重点实验室
北京市重点实验室（9个）：北京细胞工程和抗体重点实验室、肾脏疾病研究北京市重点实验室 、皮肤损伤修复与组织再生北京市重点实验室 、骨科再生医学北京市重点实验室、衰老与相关疾病北京市重点实验室、肺损伤与感染北京市重点实验室、心血管疾病微创技术研究北京市重点实验室、骨科植入医疗器械工程技术研究中心、聋病防治北京市重点实验室
全军医学专业重点实验室（12个）：肾脏病、肺损伤与感染、老年心血管病、骨科战创伤、声损失防护、数字肝胆外科、创伤修复与组织再生、肿瘤学、口腔颌面修复等
国家临床医学研究中心（1个）：肾脏疾病国家临床研究中心
国际联合研究中心（1个）：机器人微创心血管外科国际联合研究中心
科研成果
据医院官网2015年12月信息显示：医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖22项，国家发明奖3项，军队科技进步一等奖21项。医院承担“973”、“863”等各类课题800多项，在中国国内、国际公开发表的论文总数和国内论文被引用次数连续4年居全国医院之首。
2009年全院承担各级别科研课题740余项，在研经费3.1亿元。近5年获国家科技进步奖12项（一等奖2项，二等奖10项），获北京市科学技术奖21项（一等奖4项，二等奖13项，三等奖4项），获军队奖172项（科技进步奖52项，医疗成果奖120项）。2008年国内论文总数在全国医疗机构中排名（3056篇），中国国内论文被引次数在全国医疗机构中排名（10214次），MEDLINE收录论文数在全国医疗机构中排名第二（307篇），SCI收录论文数在全国医疗机构中排名第十一（122篇）。
缴费须知
北京医保区
选择该院为定点医院的北京市医保人员。
使用就医本人工行、农行、中行、建行任意一张银行卡预约挂号。
持挂号时使用的银行卡在自助机上自助缴费。
持社保卡到综合窗口打印发票。
他卡通区
无就医本人工行、农行、中行、建行银行卡。
费别为“全费”“地方公疗”和“新农合”的人员。
持就医本人二代身份证，使用本人四大银行卡以外任意银行卡（可用他人银行卡）预约挂号。
持挂号时使用的银行卡在自助机上自助缴费。
一卡通
费别为“全费”、“地方公疗”、“新农合”的人员。
使用就医本人工行、农行、中行、建行任意一张银行卡预约挂号。
持挂号时使用的银行卡在检查、等费用发生地缴费、自助机自助缴费。
在自助打印发票区打印发票。
缴费类型
费用发生地缴费：在检查、化验、取药、CT、B超、核磁等费用发生的地方刷卡缴费。
自助缴费：通过各个楼层诊区内自助机具、扫描、检查单、化验单条形码后、刷卡自助缴费。
医生工作站缴费：就诊时，直接在医生工作站刷卡缴费。