中国医学科学院阜外医院始建于1956年，是一所集医疗、科研、预防和人才培养于一体的三级甲等专科医院，是北京市医保定点单位。
2021年8月，中国医学科学院阜外医院实验诊断中心被评选为第20届全国青年文明号。
2021年11月20日，入选2020年度中国医院综合排行榜。2021年12月3日，门头沟区政府与中国医学科学院阜外医院签署战略合作框架协议，共同推动首批国家医学中心阜外西山院区落地门头沟。
阜外医院现有病房39间，手术室27间（含多模态手术室1间），复合手术室6间，导管室18间（含日间手术室1间），编制床位数1521张，实际开放床位数1392张。阜外医院将“持续建设、完善‘以心血管学科为引领，相关学科协调发展’的布局，为推动未来向综合性医院转型奠定基础”视作为核心发展目标之一，科学合理地调整学科配置及规模，现有临床中心涵盖心血管内科、外科疾病诊疗中心、影像中心以及心血管相关疾病诊疗中心；新兴学科包括肾内科、呼吸内科、神经内科、消化内科、五官科、中医科等。
世界上规模的心血管疾病诊治中心
伴随2006年阜外医院内科介入诊疗总量首次破万、2011年外科手术总量首次破万，阜外医院成为世界范围内内、外科手术量均突破万例的特大心血管疾病诊疗中心。
2023年全年门诊942966人次，急诊46470人次，急诊危重症抢救19529人次；出院85842人次，床位周转65.44次，床位使用率98.87%，平均住院日5.47天，死亡率0.15%。住院外科手术18874人次，内科介入手术56223例、射频消融9559例、起搏器植入术2063例。在医疗服务数量持续增长的同时，患者平均住院日、手术死亡率、出院患者死亡率等多项医疗质量评价指标优异。阜外医院在国家三级公立医院绩效考核（其他专科手术组）中连续五年排名，继续保持专科医院等级A等，CMI值（代表收治病例疑难复杂度的病例组合指数）连续五年排名。
丰厚的科研基础条件与科研平台
阜外医院拥有心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心2个研究平台，国家卫生健康委心血管临床研究重点实验室、国家卫生健康委心血管疾病再生医学重点实验室、心血管植入材料临床前研究评价北京市重点实验室、心血管疾病分子诊断北京市重点实验室4个省部级研究平台，以及中国医学科学院冠心病风险预测与研究重点实验室、中国医学科学院肺血管医学重点实验室、中国医学科学院心血管流行病学重点实验室等7个医科院级研究平台。