预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
按公式计算起扣点和抵扣额
原则：当未完工程和未施工工程所需材料的价值相当于备料款数额时起扣。每次结算工程价款时，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。
未完工程需主材总值=未完工程价值×主要材料比重=预付备料款
未完工程价值=预付备料款÷主要材料比重
起扣时已完工程价值=施工合同总值－未完工程价值
应扣还的预付备料款，按下列公式计算：
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次扣抵额= (累计已完工程价值－起扣时已完工程价值)×主材比重
以后每次扣抵额=每次完成工程价值×主材比重 例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
合同规定预付备料款为合同价款的25%。则：
预付备料款=300×25%=75万元
起扣点=300－75/62.5%=180万元
即：当累计结算工程价款为180万元时，应开始抵扣备料款。此时，未完工程价值为120万元
所需主要材料费为120×62.5%=75万元，与预付备料款相等
(2)按合同规定办法扣还备料款
例如：规定工程进度达到60%，开始抵扣备料款，扣回的比例是按每完成10%进度，扣预付备料款总额的25%
(3)工程后一次抵扣备料款
适合于造价低、工期短的简单工程
备料款在施工前一次拨付，施工过程中不分次抵扣。当备料款加已付工程款达到95%合同价款(即留5%尾款)之时，停止支付工程款
4.预付款的额度
工程预付款的额度不超过合同金额（扣除暂列金额）的30%。
保函（Letter of Guarantee, L/G）又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。
银行出具的保证通常称为保函，其他保证人出具的书面保证一般称为保证书。保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书，其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
投标保函
是指投标人（申请人）作出保证，在投标人报价的有效期内，投标人将遵守其诺言，不撤标、不改标，不更改原报价条件，并且在其一旦中标后，将按照招标文件的规定及投标人在报价中的承诺，在一定时间内与招标人签订合同，如投标人违约，银行将在担保额度的范围内向招标人支付约定金额的款项。该金额数通常为投标人报价总额的1%-5%不等。