1．办理小额担保贷款的人员一般是下岗工人和农民，本身他们就缺少可以抵押的财产，农户财产一般包括在自留地，宅基地以及宅基地上的自建房，这是农民的主要财产，我国《中华人民共和国担保法》明确规定：“耕地，宅基地，自留地，自留山等村集体所有的土地使用权不得抵押。”法律之所以如此规定，主要是考虑到抵押人的生存权和发展农业的问题。同时《中华人民共和国担保法》又规定了集体所有的土地使用权抵押的两个特例：一是抵押人依法承包并经发包方同意抵押的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等荒地的使用权可以抵押；二是以乡镇、村企业的厂房等建筑物抵押的，是占用范围内的土地使用权可以抵押。法律虽然规定了在以上两种情况下，集体所有的土地使用权可以抵押（但不允许单独抵押），同时对该抵押权的实现仍然做了限制：以承包的荒地的使用权抵押的，或者以乡镇、村企业的厂房等建筑物占用范围内的土地使用权抵押的，在实现抵押权后，未经法定程序不得改变土地集体所有和土地用途。关于自建房，《中华人民共和国担保法》对农民自建房并没有明确规定不能用于抵押，它应该属于《中华人民共和国担保法》所规定的“依法可以抵押的其他财产”，可以抵押。但《中华人民共和国担保法》同时明确规定，集体所有的宅基地的土地使用权不能抵押。因为宅基地的使用权归集体所有，这种土地使用权国家只允许农民自用，不允许其被处分而进入流通领域。那么农民自建房抵押时，实际上仅仅是用该房的所有权进行抵押，而不能根据“地随房走”的原则，一同将该房占用范围内的土地使用权一并抵押。这就造成了抵押权人对该房屋的抵押权无法实现。
2．小额信贷缺少终偿还的保障机制，小额信贷的借款者一般是创业者，且多为资金匮乏者，如果创业成功，他愿意归还贷款，可是如果创业失败，资金损失，贷款者的利益就难以保障。
3．小额信贷运作成本过高。小额信贷属于零售贷款，一个信贷员多营销一二百笔贷款，但是金额却仅仅是几百万，这和批发贷款的规模效应是无法比的，相对的成本也高。同样是一个亿的贷款，我们如果贷款给大企业，只需要一个客户经理就可以办理，而办理小额贷款可能要几千笔业务量，光客户经理就需要十几个。人力物力成本过高。
4．整个社会的诚信体制缺失，小额贷款绝大部分依靠的是信用担保，但是很多贷款户将小额贷款看作是“唐僧肉”，赈灾，扶贫款，逃废，骗取等恶意行为时有发生。